El Área de Protección de Flora y Fauna Islas del Golfo de California fue decretada el 2 de agosto de 1978 con una extensión de 380 000 hectáreas aproximadamente. Posteriormente, el 30 de mayo de 1964, se decretó Isla Rasa como una Zona de Reserva y Refugio de Aves Migratorias y Fauna Silvestre para la protección de las aves marinas que anidan en ella. Su administración está a cargo de la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas. Por la vasta extensión geográfica que comprende esta reserva, su administración se lleva a cabo a través de cuatro Direcciones (una en Baja California, en Baja California Sur, Sonora y Sinaloa.

También forma parte del programa internacional "El Hombre y la Biosfera" (MAB) y forman parte de la Red Mundial de Reservas de la Biosfera de la UNESCO, como Reserva Especial de la Biosfera. Por otro lado, en julio de 2005 las áreas protegidas que se encuentran dentro del Golfo de California fueron inscritas al Listado del Patrimonio Natural de la Humanidad de la UNESCO.

En Baja California Sur dedicamos nuestros esfuerzos a la conservación de los complejos insulares San José, Espíritu Santo y Cerralvo, mismos que se encuentran en las cercanías de la ciudad de La Paz, en conjunto son 12 islas y alrededor de las 93,000 hectáreas.

Estos ecosistemas insulares son muy frágiles y por tanto vulnerables a las actividades humanas. Entre los impactos más importantes que afectan a las islas están la extracción de flora y fauna silvestres, los disturbios a las colonias de aves y lobos marinos, la modificación del hábitat, la introducción de fauna exótica y la basura. También hay problemas relacionados con el uso de la zona marina adyacente, tales como la sobrepesca de especies, particularmente la sardina y la anchoveta.