No hay asentamientos humanos en el área, sin embargo, la mayor parte de la población que usufructa los recursos de la misma es originaria del estado del Estado de México y Morelos.

Santa Marta, Santa Lucía, San Juan Atzingo (Estado de México) y Huertos de San Pedro, Monte Bello, San José de la Montaña, Guayacahuala, Atlixtac, Coajomulco, Tres Marías, Cruz del Marquez, Fierro del Toro, Huitzilac (Morelos).

Esta área tiene dos vías de comunicación que permiten el acceso a la misma. En particular destaca la presencia de la autopista México-Cuernavaca (hasta su entronque en el poblado de Tres Marías hacia Huitzilac) y la Carretera Federal entre ambas ciudades.

Se crea en 1936 como parque nacional. El Decreto declaratorio como Parque Nacional "Lagunas de Zempoala" es un decreto de tipo administrativo o ejecutivo, por ser emitido por el titular del Poder Ejecutivo, en pleno ejercicio que le confiere la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos. Este decreto tiene su fundamento legal en artículo 27 de la Constitución a partir del cual se dictaron las medidas necesarias para establecer usos y reservas de la flora y fauna silvestres y señalar el destino que se les deben dar a las tierras, aguas y bosques comprendidos dentro del área decretada, con el fin de imponer el bienestar de la comunidad sobre el individual, respecto a la forma de planear, regular, conservar, preservar y restaurar el equilibrio ecológico de la misma.
De igual manera, el artículo 115 consituticional relativo al Municipio Libre da sustento a la participación municipal en la creación y el manejo del área natural protegida. Al respecto, los municipios incluidos en el área natural protegida (Huitzilac, en Morelos y Ocuilan de Artega en el Estado de México) han expedido disposiciones administrativas para la preservación de la flora y la fauna silvestres del área, incorporándolas a sus bandos de policia y buen gobierno y a sus Planes Municipales de Desarrollo

El parque nacional surge como la gran mayoría de las áreas protegidas decretadas en esa época como una solución a los problemas agrarios entre las distintas comunidades ubicadas en la región.

En el área trabajan organizaciones no gubernamentales, grupos interinstitucionales, centros de enseñanza superior e investigación, así como entidades gubenamentales, a saber: GEMA, A.C., MOCEDMA, A.C., Universidad Autónoma del Estado de Morelos, Grupo Interinstitucional de Trabajo (SEMARNAT, UAEMorelos, Gobierno del Estado de Morelos, CRIM-UNAM, ACCIÓN Y DESARROLLO ECOLÓGICO, A.C.), Universidad Autónoma del Estado de México, Gobierno del Estado de México.

En el área trabajan organizaciones no gubernamentales, grupos interinstitucionales, centros de enseñanza superior e investigación, así como entidades gubernamentales, a saber: GEMA, A.C., MOCEDMA, A.C., Universidad Autónoma del Estado de Morelos, Grupo Interinstitucional de Trabajo (SEMARNAT, UAEMorelos, Gobierno del Estado de Morelos, CRIM-UNAM, Acción y Desarrollo Ecológico, A.C.), Universidad Autónoma del Estado de México, Gobierno del Estado de México.

Actualmente se están desarrollando los siguientes estudios y proyectos: Proyecto de reforestación s.o.s. ford-SEMARNAT, taller de promoción de promotores ambientales comunitarios, biología de la gallina de monte Dentrortyx macroura grisseipictus en el Parque Nacional Lagunas de Zempoala, distribución y ecología de la lagartija Scelopurus grammicus en el PN Lagunas de Zempoala, programa de educación ambiental en PN Lagunas de Zempoala, estudio bacteriológico y fisicoquímico de los lagos Zempoala y Tonatiahua en relación a los problemas de salud de la comunidad, ecología de la macro y microfauna bentónica en relación al estado trófico de los lagos Zempoala y Tonatiahua, ordenamiento territorial del PN Lagunas de Zempoala, biología y ecología de los falconiformes del PN Lagunas de Zempoala, herpetofauna del PN Lagunas de Zempoala, ecología de los peces del lago Tonatiahua, análisis de los procesos abióticos sedimento-agua en el lago Zempoala, demografía de ratones múridos del PN Lagunas de Zempoala, mastofauna y sus interacciones con helmintos residentes, reproducción de Ambystoma zempoalensis, reproducción de plantas acuáticas vasculares en los lagos Zempoala y Tonatiahua, propuesta ecoturística para el PN Lagunas de Zempoala, museo de sitio para el PN Lagunas de Zempoala, modelo para el manejo comunitario de los lagos con vocación ecoturística y de recreación en el PN Lagunas de Zempoala, programa de manejo para el corredor biológico Ajusco-Chichinautzin-Zempoala, programa de señalización para el corredor biológico Ajusco-Chichinautzin-Zempoala, plan de manejo de los desechos sólidos en el área recreativa del PN Lagunas de Zempoala. Programa de atención al visitante del Parque Nacional Lagunas de Zempoala, CONANP.