El descubrimiento del teocintle “Zea diploperennis”, planta con gran potencial para el mejoramiento genético del maíz, fue realizado por investigadores de la Universidad de Guadalajara y la Universidad de Wisconsin-Madison en la Sierra de Manantlán en 1979. Esto atrajo la atención nacional e internacional por considerarla área prioritaria para la conservación de los recursos genéticos silvestres en Mesoamérica. En el año 1984 la Universidad de Guadalajara estableció la Estación Científica las Joyas en un predio de 1245 ha fue adquirido por el gobierno del estado de Jalisco y otorgado en comodato al entonces Laboratorio Natural Las Joyas (hoy Instituto Manantlán de Ecología y Conservación de la Biodiversidad - IMECBIO). Con ello inicia un proceso de investigación y vinculación social que culminó en la creación de la Reserva de la Biosfera Sierra de Manantlán (RBSM), decretándose como tal el 23 de Marzo de 1987 por el poder ejecutivo federal con una superficie de 139,577 hectáreas y sumándose, casi de forma inmediata, a la Red Internacional de Reservas de la Biosfera del Programa MAB – UNESCO de las Naciones Unidas.

Es hasta finales de 1993 que se crea la Dirección de la RBSM bajo la intervención del Instituto Nacional de Ecología (INE), como órgano gubernamental encargado de crear la administración de la reserva. Con esto comienza una nueva etapa de trabajo en la que se redefine la función del IMECBIO. La Dirección de la reserva asume el liderazgo en la aplicación del programa de manejo del área protegida, la concertación interinstitucional, la protección efectiva del área, y la aplicación de la política de conservación, mientras que el IMECBIO se centra en las funciones de investigación, educación, difusión y asesoría técnica, estableciéndose entre ambas una relación estrecha de colaboración. Para el caso del IMECBIO, desde 1995 forma parte del Centro Universitario de la Costa Sur, implicando mayor participación en actividades docentes. Por su parte la Dirección de la Reserva de la Biosfera Sierra de Manantlán esta dentro de la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (CONANP), órgano desconcentrado de la Secretaria del Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT).