Biodiversidad
Esta región merece especial atención por su gran diversidad biológica que incluye más de 80% de las especies vegetales de toda la Península de Yucatán, además de 350 especies de aves y casi 100 especies de mamíferos. Quizá aún más importante es el hecho de que es el hogar de varias especies de vertebrados mayores en peligro de extinción en México, como el pecarí labios blancos (Tayassu pecari), tapir centroamericano (Tapirus bairdii), jaguar (Panthera onca), puma (Puma concolor), zopilote rey (Sarcoramphus papa) y pavo ocelado (Meleagris ocellata), entre muchas otras.
Flora
La región de Calakmul, en el centro de la península de Yucatán, es de gran importancia por contener el área forestal más extensa del trópico mexicano; La región de Calakmul se encuentra en el estado de Campeche y se compone principalmente de la Reserva de la Biosfera de Calakmul que, con 7238 km2, es el bosque tropical decretado área protegida más grande de México. Forma un continuo forestal con las reservas estatales de Balam Ku (4 092 km2) y Balam Kin (1 109 km2) en México y con la Reserva de la Biosfera Maya (18 838 km2) en Guatemala y la reserva privada Río Bravo (445 km2) en Belice. Entre ellas constituyen el macizo de bosque tropical más grande de Mesoamérica con más de 30 000 km2. Sin embargo, esta región también ha sido considerada un “hot spot” de la deforestación tropical.
A pesar del escaso relieve topográfico de la región, la vegetación presenta una elevada heterogeneidad espacial. Las cinco asociaciones que destacan por su relevancia regional, nacional y mundial son la selva de guayacán (Guaiacum sanctum), la selva de jobillo (Astronium graveolens), la selva baja caducifolia, la selva alta y el bajo mixto.
Fauna
El 90% de las especies de anfibios y más de la mitad de las 105 especies de reptiles de la península se han registrado en la región de Calakmul. Entre ellas por lo menos 7 especies se pueden considerar como endemismos.
Más de la mitad de las especies de aves de la península de Yucatán se han registrado en la región de Calakmul. Al igual que otros grupos existe poco conocimiento sobre las aves. Sin embargo, la región de Calakmul es considerada como una localidad geográfica importante para aves migratorias neotropicales, que pasan los inviernos en el área.
La región de Calakmul constituye la zona con más alta diversidad de ungulados en México, ya que se encuentran dos especies de pecaríes, tres especies de venados y el tapir. Con excepción de otras áreas de la península de Yucatán, Calakmul es una región única por mantener tres especies de cérvidos y es considerada como el último refugio del tapir y Jaguar en México.