Cabo Pulmo es el único ecosistema de arrecife coralino en el Golfo de California y como tal, representa un tipo particular de hábitat, de procesos ecológicos, de comunidades biológicas y de características fisiográficas; situación que le confiere no sólo una importancia regional, sino una gran relevancia en el ámbito mundial. Se trata del arrecife coralino que tiene la ubicación más septentrional en el Pacífico Este y es, actualmente, uno de los de mayor cobertura coralina (Durhamm, 1947; Squires, 1959; Brusca y Thomson, 1975; Reyes-Bonilla, 1990).

Su diversidad biológica ha sido documentada a través de diversos estudios realizados con las comunidades arrecifales. En el Golfo de California se presenta la cobertura coralina más extensa y un alto porcentaje (78%) de las especies de corales hermatípicos reportadas. La riqueza íctica también es considerablemente importante, pues de las 875 especies reportadas para el golfo, aproximadamente el 26% se presentan en este arrecife.

Esta zona es además importante debido a que podemos encontrar especies bajo alguna categoría de protección conforme a la NOM-059-SEMARNAT-2001. Entre las más sobresalientes se encuentran cinco especies de tortugas marinas (Caretta caretta, Chelonia agassizi, Dermochelys coriacea, Eretmochelys imbricata y Lepidochelys olivacea), bajo la categoría de en peligro de extinción, consideradas especies prioritarias para su conservación en México (SEMARNAT 2000).

Fauna

A pesar de que, en general, la fauna arrecifal está mejor estudiada que su flora, el conocimiento de ella es aún insuficiente. Actualmente, los peces, corales y moluscos se consideran mejor estudiados que el resto de los Phyla animales. El arrecife del Parque presenta la cobertura coralina más extensa en el Golfo de California, y en él habitan 11 de las 14 especies de corales hermatípicos reportados para el golfo; éstas son: Pocillopora verrucosa, Pocillopora capitata, Pocillopora damicornis, Pocillopora meandrina, Pavona gigantea, Pavona clivosa, Porite s panamensis, Psammocora stellata, Psammocora brighami, Fungia curvata, Madracis pharensis (Reyes Bonilla, 1993a), todos estos son considerados como corales duros. De igual forma, en el caso de la comunidad ictiológica se tienen observaciones de 226 especies arrecífales (Villarreal, 1988) de las 875 especies listadas para el Golfo de California (Finley et al., 1996).

Las aves marinas presentes en el Parque incluyen a la gaviota patas amarillas (Larus livens) endémica del Golfo de California; la gaviota parda (Larus hermanni); el gallito menor (Sterna antillarum) y al gallito de mar (Sterna elegans y Sterna maxima); pelicano café (Pelecanus occidentalis); garzas (Ardea herodias y Casmerodius albus) y playeritos o zarapicos (Limosa fedoa, Numenius phaeopus y Numenius americanus). Respecto a la presencia de mamíferos marinos, es posible observar una pequeña colonia de lobos marinos (Zalophus californianus), sin embargo esta no es reproductiva. Del grupo de los odontocetos se puede observar el delfín tursión o nariz de botella (Tursiops truncatus), estenela o delfín tornillo (Stenella longirostris), y el esteno o delfín de dientes rugosos (Steno bredanensis). De igual forma, en invierno se pueden observar la ballena jorobada (Megaptera novaeangliae), la ballena de aleta (Balaenoptera physalus) y el rorcual tropical (Balaenoptera edeni).

Flora Marina

Los esfuerzos encaminados a conocer la flora marina del arrecife coralino han sido escasos, encontrándose un estudio (Anaya y Riosmena, 1996). La extracción de especímenes se realiza prácticamente con fines científicos, aún y cuando se presentan especies de valor comercial no existen reportes de aprovechamiento económico.

Flora Terrestre

La comunidad predominante está constituida por matorral sarcocaule con las siguientes especies: lomboy blanco (Jatropha cinerea), matadora (Jatropha cuneata), ocotillo (Fouquieria sp.) y Machaerocereus gummosus (carta de uso de suelo y vegetación 1: 250,000 de INEGI).