EL Arrecife Alacranes tiene una larga historia de actividades humanas que datan desde principios de la época colonial, ya que no existen registros o pruebas de mesoamericanos mayas u olmecas en el área. Así el Arrecife Alacranes fue utilizado como refugio para las tormentas, tanto por naves piratas, como leales a la corona española. Durante mucho tiempo ha sido punto de referencia para la navegación de cabotaje, apareciendo por su peligrosidad en la cartografía desde el siglo XVI.

Arrecife Alacranes presenta elementos históricos importantes: en la barrera de barlovento han encallado varios barcos, siendo relevante el barco que transportaba en el año 1511 a Gonzalo Guerrero y Jerónimo de Aguilar, unos de los primeros europeos en Yucatán. Los descubrimientos más interesantes sobre naufragios (12 registrados de 1511 a 1986) se han hecho en navíos del siglo XIX. De esta manera, los naufragios constituyen un patrimonio histórico de gran valor. La casa de madera colocada por el Gobierno Federal a finales del siglo XIX y el faro original (actualmente fuera de servicio) son de gran valor arquitectónico. Sin embargo, existe la leyenda de que la casa de madera fue donada por la Reina Victoria de Inglaterra a fines del siglo XIX y el faro patrocinado por la compañía de seguros Lloyd´s, por lo que estas construcciones se consideran monumentos históricos, en concordancia con la Ley Federal Sobre Monumentos y Zonas Arqueológicas, Artísticos e Históricos.