A fin de dar solución a los problemas que enfrenta el Parque Nacional Arrecife Alacranes, la Dirección del área protegida ha implementado una serie de acciones vinculadas a las seis líneas estrategias de la Comisión Nacional de Ares Naturales Protegidas (Protección, Manejo, Restauración, Conocimiento, Cultura y gestión). De esta manera se han establecido acuerdos de colaboración con dependencias federales, como la Secretaría de Marina (SEMAR), la Procuraduría Federal de Protección al Ambiente (PROFEPA) y la Comisión Nacional de Acuacultura y Pesca (CONAPESCA), con el objeto de controlar el desarrollo de actividades (turísticas, pesqueras y comerciales) incompatibles con los objetivos de conservación del área protegida.

Año con año se llevan a cabo, en coordinación con el Gobierno del Estado, campañas de limpieza de las islas que se encuentran al interior del Parque. De igual manera se llevan a cabo actividades de control y erradicación de especies exóticas tanto marinas como terrestres en colaboración con Organizaciones no Gubernamentales y el sector Académico de la entidad. Así mismo se promueve el desarrollo de investigación en el área protegida con el objeto de generar conocimiento que conduzca a la toma de decisiones en beneficio del área protegida.