El principal problema que afrontan los ecosistemas terrestres del área protegida es: la presencia de especies introducidas (e.g. casuarinas, cactáceas y ratas). La casuarina (Casuarina equisetifolia) – planta muy agresiva que impide el crecimiento de otras especies a su alrededor – y el nopal (Opuntia stricta variedad dilleni) desplazan la vegetación original de isla Pérez; así mismo, la presencia de nopal reduce el área de anidación de algunas aves migratorias que anidan en isla Muertos. De igual manera, la presencia de roedores en tres de las islas (Pérez, Muertos y Pájaros) representa un peligro para la anidación de las aves migratorias que anidan en estas islas. Aunado a esto, la presencia de basura (producto de los vientos y corrientes marinas que pasan por las islas) influye de manera negativa en la permanencia de las especies de flora y fauna que habitan e interactúan en las islas del Parque.