El parque presenta una zonificación desde su decreto de creación constituida por dos zonas núcleo – Zona Núcleo Norte y Zona Núcleo Sur – las cuales cubren una superficie de 31,670 ha., lo que representa el 9.5% de la superficie del área protegida, y la restante zona de amortiguamiento

Su forma es semicircular y presenta elementos fisiográficos bien diferenciados: los márgenes arrecifales (barlovento y sotavento), la laguna interior y cinco islas arenosas (I. Pájaros o Blanca, I. chica, I. Pérez, I. Muertos o Desertora e I. Desterrada). El área total registrada para las cinco islas es de 53 ha., lo que representa el 0.17 % del sistema arrecifal.

La única forma de acceso al Parque es por vía marítima, la ruta más corta es saliendo de Puerto Progreso, aunque también es posible salir de otros sitios de la península.