Fauna
La diversidad de Los Petenes es notable, pues se registran al menos 473 especies de flora (22 endémicas a la Península de Yucatán), 678 de plantas superiores (24 endémicas), y al menos 434 especies de fauna: 313 especies de aves, de las cuales 43 están dentro de la NOM-059-SEMARNAT-2001, Protección ambiental.-Especies nativas de México de flora y fauna silvestres-Categorías de riesgo y especificaciones para su inclusión, exclusión o cambio-Lista de especies en riesgo.
El 60 % de estas especies son consideradas residentes permanentes y 40 % migratorias.
Hay 47 especies de mamíferos, de los cuales 16 especies (34 %) se encuentran en alguna categoría de riesgo. Existen al menos 47 especies de peces marinos, seis de agua dulce y 21 especies de reptiles. De esta fauna sobresalen: la cacerolita de mar (Limulus polyphemus), la cigüeña jabirú (Jaribu mycteria), el pavo ocelado (Meleagris ocellata), el hocofaisán (Crax rubra), el flamenco americano (Phoenicopterus ruber), la cigüeña gaitán (Mycteria americana), el pelícano blanco (Pelecanus erythrorhynchus), los cocopatos (Eudocimus albu), las cercetas de alas azules (Anas discors), el mono araña (Ateles geoffroyi), el jaguar (Pantera onca), el ocelote (Leopardus pardalis), el tigrillo (Leopardus wiedii), el perro de monte (Eira barbara), la onza (Herpailurus yagouaroundi), el oso hormiguero (Tamandua mexicana), el mico de noche (Potos flavus) y el cacomixtle (Bassariscus sumichstri), entre otros.