Flora
La característica más notable de la Reserva es la presencia de islas de vegetación arbolada (manglar o selva) inmersa en una matriz de vegetación herbácea, de manglar disperso o de selva estructuralmente más baja. Estos islotes de vegetación, generalmente asociados a un afloramiento de agua dulce o al relieve, se conocen como petenes, vocablo maya que significa “campos llanos junto al mar a manera de islotes”.
La flora terrestre está formada al menos por 678 especies de plantas superiores, de 103 familias y 404 géneros, incluye 24 especies endémicas de la Península de Yucatán, tres amenazadas y cinco sujetas a protección especial.
Su paisaje está formado por diferentes ecosistemas o humedales tales como manglares en sus diferentes modalidades, zacatales representados por comunidades de tulares (Typha dominguensis), chechenales (Metopium brownei), mangle botoncillo (Conocarpus erectus), selva baja subperennifolia (inundable) y Petenes.
La Reserva de la Biosfera Los Petenes contiene la mayor y mejor superficie de pastos marinos del Golfo de México.
En la RBLP, los petenes se distinguen por su vigor, altura y la diversidad de sus componentes vegetales en región de humedal costero. La vegetación puede ser selva mediana; selva mediana con selva baja; selva mediana con manglar; manglar y selva baja; y manglar. Los Petenes conforman paisajes y hábitats únicos y relevantes para la fauna, y se encuentran particularmente presentes en la Península de Yucatán-México, Península de Florida-Estados Unidos de Norteamérica y en Cuba.