Carcinofauna

Los hábitats de las diferentes especies conocidas pueden ser incluidos en dos grandes grupos: los cuerpos de agua salada y el resto del sistema hidrológico, donde se incluyen manantiales, pozas y zonas inundadas. La diversidad de crustáceos, incluye la presencia de 12 especies, de las cuales 6 son endémicas y otras 4 aún están pendientes de definir su nivel específico (Cole, 1984).

Malacofauna

La descripción de los moluscos de Cuatrociénegas se encuentra estudiada en dos vertientes, por un lado solo se tiene referencia de un molusco terrestre (Humboltiana taylori) por Metcalf, 1979. Y por otro lado Minckley en 1969 reporta 7 familias de moluscos acuáticos, de los cuales la familia mejor representada es la Hidrobidae, la cual cuenta con 10 especies endémicas. A pesar de las modificaciones realizadas en el sistema hidrológico aún es posible encontrar poblaciones bien establecidas de diferentes especies en los manantiales de la región (Minckley, 1984).

Ictiofauna

Es el componente faunísitico más conspicuo en cuanto a diversidad y endemismo (Taylor, 1966 y Minckey, 1966, 1969 y 1984), teniendo un total de 16 especies con 9 endémicas, inusual para una zona árida. La heterogeneidad ambiental del sistema hidrológico ha permitido la presencia de importantes grupos de peces que se distribuyen en manantiales como Astyanax sp, Notropis sp. y Micropterus salmoides.

En los manantiales de mayor cobertura vegetal se encuentran especies como: Lucania interioris y Gambusia spp. Los canales son dominados por poblaciones de híbridos de Cyprinodon atrorus y Cyprinodon bifasciatus además de Notropis xanthiacara y Dionda episcopa que son los géneros más abundantes en sitios ribereños (Minckley, 1984).

Herpetofauna

De las 67 especies registradas por MacCoy 1984, seis son endémicas, dos de ellas, Apolone ater y Trachemys scripta ocupan hábitat acuáticos, las especies Terrapene coahuila y Scincella lateralis ocurren en hábitat semiacuáticos y Gerrhonotus lugoi y Cnemidophorus scalaris se distribuyen en hábitat desérticos (McCoy, 1984).

Ornitofauna

La avifauna de la región aparentemente no tiene una gran diversidad, pues solo se tiene el registro de 61 taxas, desconociendo cuales son migratorias, residentes o si constituyen algunas formas endémicas. Los hábitat ocupados por las especies como: garza morena (Ardea herodias) ocupa las zonas riparias, la lechuza llanera Speotyto (Athene cunicularia hypugaea) se le encuentra en áreas de pastizales y matorral halófilo y el reyezuelo rojo (Regulus calendula) se le encuentra en toda el área (Contreras-Balderas,1984). En 1997, Contreras-Balderas reporta 109 especies.

Mastofauna

Las poblaciones de mamíferos en el valle de Cuatrociénegas no han sido analizadas con detalle, pues solo se encuentran referencias en trabajos generales, por lo que hacen falta estudios de campo para tener un panorama más preciso. Los depredadores más comunes incluyen al coyote (Canis latrans) y el gato montes (Lynx rufus), ocupando los hábitat de vegetación arbustiva, se encuentra el venado cola blanca (Odocoileus virginianus). Aprovechando recursos del pastizal se encuentra a las liebres Lepus californicus, Sylvilagus Audubonii y Spermophilus sp. y los ratones del género Peromyscus, Reithrodontomys y Onychomys. Donde los suelos son relativamente profundos se encuentran las tuza (Thomomys umbrinus) (Hall, 1981).

Estromatolitos

Las características geológicas de las sierras circundantes y la composición química de los cuerpos de agua de Cuatrociénegas han creado un nicho que ha permitido la sobrevivencia de formas de vida que alguna vez fueron comunes en la tierra y que ahora sólo sobreviven en pocos lugares del mundo. En las aguas de este valle aún existen organismos arcaicos cuya función principal en la historia del planeta fue la modificación de la atmósfera primigenia mediante la primera forma de fotosíntesis conocida y la subsecuente producción de oxígeno que permitió la evolución de la vida como la conocemos actualmente. En el contexto actual, los estromatolitos son un componente de vital importancia para las pozas de Cuatrociénegas, pues son verdaderos tanques de oxigeno para los seres vivos que allí existen.

Estos organismos, de alguna manera han logrado sobrevivir en éste lugar desde hace 3,450 millones de años. Si tomamos en cuenta que los dinosaurios se extinguieron hace 60 millones de años, podemos darnos una idea de hasta donde llega la línea del tiempo con éstos organismos, que representan una forma de contacto de el pasado, desde los orígenes mismos de la vida en la tierra, con la época moderna. Estas modestas formas de vida, que no son otra cosa que acumulaciones de sedimentos carbonosos formados por comunidades de cianobacterias, pueden tener la clave para determinar, a través de su estudio, el como se originó la vida en la tierra. Hay investigadores que los consideran esenciales para el estudio de la producción de oxígeno que permita, en el futuro, la exploración del espacio.

Endémicos

En los diferentes ecosistemas que alberga el Valle de Cuatrociénegas coexisten animales y plantas que han evolucionado en condiciones de aislamiento natural, lo que ha propiciado la evolución de numerosos endemismos. El aislamiento se debe en parte a que dicho valle es una cuenca cerrada rodeada por montañas. Sin embargo, además del aislamiento físico por barreras naturales, el aislamiento se asocia principalmente a la presencia de agua en un entorno que se caracteriza por su aridez. El agua, que no es común en los áridos paisajes del Desierto Chihuahuense, se encuentra aquí en abundancia de manera natural, por lo que las especies que se adaptan a su presencia, se ven atrapadas al no haber otro lugar cercano donde subsistir. Lo anterior ha provocado que la evolución tome en Cuatrociénegas un camino único y diferente. A la fecha se han registrado 64 especies endémicas, aunque algunos otros autores mencionan 70, pero aún hay mucha investigación por realizar. La mayoría de los estudios no ha contemplado a los artrópodos, salvo algunas excepciones, y hay muy poca información sobre mamíferos, lo cual nos hace inferir que la lista de especies endémicas aún no está completa.

Tabla de número de especies de acuerdo a grupos.

Especies consideradas en el programa de manejo:

GRUPO	NO. DE ESPECIES	ESPECIES ENDÉMICAS
MOLUSCOS	28	13
PECES	17	10
ANFIBIOS	8	0
REPTILES	60	9
AVES	145	0
MAMÍFEROS	60	0
Crustáceos	27	7
Escorpiones	19	4
Insectos		3
TOTAL ANIMALES	253	27
PLANTAS	883	26
GRAN TOTAL	1247	72