Matorral
desértico-
micrófilo

Los bosques se caracterizan por la predominancia de especies de afinidad templada hacia las partes más altas y desprotegidas, mientras que en las zonas de cañadas o áreas más protegidas se entremezclan con elementos típicamente tropicales (Rzedowski, 1981).

Matorral
desértico-
rosetófilo

Se distribuye en lomeríos y en laderas de las serranías, en pendientes rocosas con suelos someros. Su nombre se deriva de la presencia de plantas con hojas dispuestas en forma de roseta como la lechuguilla (Agave lechuguilla), magueyes (Agave spp.), sotol (Dasylirion spp.), y especies de los géneros Yucca, Nolina, Hechita, Hespheraloe.

De las 4 especies de agaves reportadas para el PNCM, A. bracteosa y A. viactoriae-reginae estan consideradas en peligro de extinción por las autoridades mexicanas y CITES. Cabe señalar que recientemente se describió una nueva especie, Agave albopilosa, de distribución restringida y endémica del PNCM.

Matorral
submontano

Se distribuye en climas semiáridos, cálidos y semicálidos subhúmedos en donde la precipitación oscila entre los 450 y 900 mm a lo largo de la base y la cuesta de las montañas y por debajo de la cota de 2000 m.s.n.m. Lo representan arbustos sin espinas entre 3 y 5 m de altura. Los géneros más comunes son Acacia, Zanthoxyllum, Fraxinus, Helietta y Forestiera. Además, presenta una gran importancia porque en estas zonas se presentan especies enlistadas en la norma oficial Mexicana (NOM-059-ECOL-2001) en estatus de conservación como el Agave victoria-reginae y Agave bracteosa.

Chaparral

Las comunidades de chaparral se presentan a manera de manchones discontinuos y fragmentadas, se localizan en las porciones más secas del Parque, en las cuestas de las montañas (1400 m) y áreas quemadas de los picos más altos (2700-3400 m). Sus elementos se caracterizan por presentar hojas esclerotizadas, reproducción vegetativa, coberturas densas y de difícil acceso al tránsito; sus elementos predominantes son: encinos arbustivos (Quercus spp.), manzanitas (Arctostaphylos pungens), rosas de castilla (Cercocarpus spp.), palma (Yucca carnerosana) y otras especies de los géneros: Malacomeles, Cowania, Garrya, Calia, entre otros.

Vegetación
riparia

Vegetación asociada a los cauces de rios y arroyos. Se encuentran árboles como los centenarios Ahuehuetes (Taxodium mucronatum), Álamos (Populus deltoides), Cephalanthus salicifolius, así como especies de gramíneas, asteráceas, ciperáceas y leguminosas.

Bosques
encino, pino y
encino-pino

Se presentan en las partes más altas de la zona, predominando los géneros Pinus (pinos) y Quercus (encinos), donde las especies más frecuentes son Quercus polymorpha, Q. rysophylla, Q. laceyi, Q. greggii, Q. canbyi, mientras que las coníferas predominantes son Pinus pseudostrobus, P. greggii, P. teocote, P. cembroides, Juniperus monosperma y J. Deppeana. Cabe señalar que el PNCM contiene la segunda mayor concentración de especies de pinos y encinos del país, destacando la presencia del encino Quercus sillae, especie endémica que se encuentra solo en cañadas y partes bajas del Cerro de la Silla y Cañón del Huajuco, en los municipio de Santiago, Monterrey y Allende; así como el Pinus remota o Pinus catarinae, especie endémica protegida