Debido a que la Sierra de Manantlán se encuentra en el extremo norte de la región intertropical, el clima de la región está influido por varios factores además de su ubicación latitudinal, como son la cercanía a la costa, el efecto de sombra orográfica y la amplitud del gradiente altitudinal. Esto da lugar a condiciones de variación del ambiente que explica en parte la elevada biodiversidad regional y la presencia de numerosas formaciones vegetales que incluyen desde bosques tropicales hasta los de clima templado.

La Sierra de Manantlán presenta dos grupos climáticos: cálidos y templados subhúmedos (Martínez-Rivera et al.,1991). La temperatura media anual va de 16 a 22°C, con excepción a la zona suroeste, en donde se presentan valores mayores a los 27.2°C. La mayor precipitación sobrepasa los 1,700 mm y corresponde a las áreas en el suroeste de la Sierra de Manantlán. La zona seca se localiza al norte de la Sierra, en los municipios de Autlán, El Grullo, Tuxcacuesco, Tolimán y Zapotitlán, con precipitaciones menores a los 800 mm.