Siguiendo con lo mencionado en el programa de manejo de la reserva, sus objetivos se presentan en tres ejes importantes:

Conservación

• Contribuir al mantenimiento de procesos ecológicos esenciales para el funcionamiento de los ecosistemas, la producción de recursos naturales y la generación de servicios ambientales de los cuáles depende la sociedad.
• Contribuir al mantenimiento de la diversidad biológica del Occidente de México y proteger especies endémicas, amenazadas, en peligro de extinción, vulnerables, raras o que requieren protección especial.
• Favorecer la recuperación, restauración o rehabilitación de áreas degradadas por prácticas inadecuadas de manejo.
• Promover el reconocimiento y protección de valores del patrimonio cultural, arqueológico e histórico.
• Mantener y promover las formas de uso de los recursos naturales adaptadas a las condiciones ecológicas y sociales locales que contribuyen a la conservación de la biodiversidad y los procesos ecológicos.
• Proteger paisajes y valores escénicos.
• Generar conciencia sobre los problemas ambientales y la apreciación de los valores naturales, y promover un cambio de valores y actitudes de los actores sociales a favor de la conservación del patrimonio natural y cultural.

Desarrollo social

• Instrumentar un estilo de desarrollo social basado en el aprovechamiento sustentable de los recursos naturales, en forma compatible con la conservación ecológica.
• Promover un proceso de organización de los pobladores de la Reserva, basado en principios democráticos y participativos, para lograr el aprovechamiento sustentable de los recursos naturales, que contribuya a mejorar la calidad de vida y reducir la desigualdad y la pobreza.
• Desarrollar un modelo de ordenamiento ecológico de las actividades productivas y la ocupación del territorio, con una perspectiva de desarrollo regional orientado a la sustentabilidad.
• Promover un proceso de educación, comunicación e intercambio entre pobladores, productores, funcionarios, técnicos y científicos, que permita el reconocimiento, valorización, apropiación y aplicación, tanto de los conocimientos empíricos como científicos para el manejo sustentable de los recursos naturales.
• Apoyar las iniciativas de las comunidades indígenas de la Reserva para el rescate del patrimonio cultural y el fortalecimiento de su identidad y formas de organización social.

Investigación científica y educación

• Generar conocimientos científicos sobre la estructura, funcionamiento y dinámica de los ecosistemas y sociosistemas y sus interacciones.
• Ofrecer condiciones para la investigación científica y el monitoreo de las condiciones ambientales y los procesos ecológicos y sociales, como parte de la Red Internacional de Reservas de la Biosfera y el SINAP.
• Generar modelos de manejo de los recursos naturales y experimentar en forma participativa tecnología apropiada y apropiable para el desarrollo social y la conservación.
• Ofrecer condiciones para la formación de recursos humanos en el campo de la ecología, manejo sustentable de los recursos naturales y desarrollo social, que fortalezca la capacidad de los actores involucrados en la gestión de la Reserva.