En la vegetación de la Reserva de la Biosfera Sierra de Manantlán se reconocen 13 tipos de cubierta vegetal, basándose para su descripción en los trabajos de Rzedowski (1978) y Rzedowski McVaugh (1966): bosque tropical caducifolio, bosque tropical subcaducifolio, bosque mesófilo de montaña, bosque de Pinus, bosque de Pinus y Quercus, bosque de Quercus caducifolio, bosque de Quercus subperennifolio, bosque de Abies, bosque de galería, matorral subtropical, vegetación sabanoide de Byrsonima y Curatella, pastizales y campos agrícolas.