El Pinacate y Gran Desierto de Altar, es considerado una de las regiones prioritarias de México debido a que se encuentra inmerso dentro del Desierto Sonorense, un desierto con un origen climático tropical–subtropical y un patrón de lluvias que permite una gran riqueza biológica (Houk, 2000).

De los cuatro desiertos de Norteamérica, el Sonorense contiene la mayor diversidad. Éste cubre además del territorio perteneciente a Sonora, una porción de Baja California y Baja California Sur en México, así como Arizona y California en Estados Unidos. Debido a su variación climática y ambiental es posible encontrar más especies de plantas y animales que en los desiertos Chihuahuense, Great Basin y Mojave. Debido a su gran biodiversidad es que hay más áreas protegidas en el Desierto Sonorense que en cualquier otro desierto del mundo (Cornett, 1997).

El Pinacate y Gran Desierto de Altar, es un lugar mágico de belleza desolada, criaturas inusuales, plantas únicas y características geológicas notables. Es el campo activo de dunas más grande de Norteamérica y presentado las inusuales dunas en forma de estrella. En el área se encuentra un espectacular escudo volcánico, donde existen flujos de lava, conos cineríticos y los impresionantes cráteres gigantes tipo Maar. Por otro lado, las tinajas, raras acumulaciones naturales de agua, se abren en el lecho de roca firme de los arroyos de campos de lava, abasteciendo de agua a la vida silvestre. Aunque se piensa que el desierto es un lugar carente de vida, los obscuros flujos de lava de El Pinacate, contrastantes con las dunas pálidas del Gran Desierto de Altar, crean una multitud de hábitats con una enorme biodiversidad.

En el área se pueden encontrar más de 540 especies de plantas vasculares, 40 especies de mamíferos, 200 de aves, 40 de reptiles, además de encontrar también anfibios y peces de agua dulce. Existen especies endémicas, amenazadas y en peligro de extinción. Aparentemente desolado, El Pinacate y Gran Desierto de Altar es un vasto acervo de vestigios arqueológicos que se remontan a más de 20,000 años atrás; es un sitio cultural importante para los Tohono O’odham quienes consideran que el origen de su creación se dio en el Pico Pinacate y donde aún realizan ceremonias sagradas.